事情的開端

政府試圖藉由端正義務教育的內容來阻止急速增加的少年犯罪。

其所採取的政策是提高藝術科目的比重，希望能藉此培養青少年尊重他人、體恤弱者的情懷，因此刪減了其他科目，尤其是基於「將事物量化、只著重數理現象、物理現象等事實的科目，很容易否定尊重心靈、體恤他人的人性」之理由，大幅削減數理方面的科目。

有一天，數學家高木源一郎在網路上的免費影片分享網站Zeta Tube上傳了一則訊息。

「我要求政府，應立即提高數學在義務教育里的地位。為達成此目的，我將挾持全體日本國民作為人質。

你們都知道這個吧？這是我親自參與制作的數學教學軟體。

我悄悄在這套軟體里，用程式埋入了某種特殊訊號。只要是曾在日本國內高中上過課的人，全都已經透過這套軟體接收了我所埋入的訊號。你們可以把那些訊號，想作是一種事先催眠。

我可以透過那些訊號，直接控制你們的大腦。也就是說只要我下道命令，每一個日本國民都可能……會成為殺人犯呢。

請你們安心。我的目的並不是要讓這個國家陷入混亂，而是想要你們再重新思考一次數學的價值。我將給政府一個月的緩衝時間，還請再度讓這個國家的孩子們——開心學數學。」

收到這則訊息的政府隨即銷毀高木製作的數學軟體。諷刺的是，這也奠定了「數學是培養殺人魔的學問」之形象，使得數學完全從學校教育里消失了。

於是，由他指揮的數學恐怖組織「黑色三角板」開始不斷引發與數學有關的離奇案件。

隸屬於警視廳的「黑色三角板特別對策本部」起用了沒用過這套軟體的成員，但他們全都對數學一無所知。因此，只好請到「熱愛數學」的平凡中學生——濱村渚前來本部幫忙。