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第三卷 都市生命體「東京」
以帕烏為首集結至忌濱的義勇同盟軍知道東京危機解除後就態度一變，轉眼間就為了爭奪利益而恢複對立狀態。幸而各縣都必須以重建受損的家園為優先，沒有人發動趁火打劫的侵略戰爭，可謂不幸中的大幸。
兵庫縣獲得都市化現象帶來的附加利益，的場會長為此得意洋洋，但公司內研究都市技術的研究者很快就對偏重兵器的開發體制提出異議，接連獨立為醫療開發或交通開發公司。的場重工因此不再是日本最強的開發公司，而兵庫這座大都市也重建為眾多公司聚集的工業地區。
而在阿波羅白的集中攻擊下首當其衝的日本中央政府，京都府的高層一聽說事件平息便捲土重來，直接以都市化的京都府廳為據點開始重建政府。盤據京都府廳周圍的穴熊一族曾對這些我行我素的政治家提出抗議，但受到東京毀滅的影響，府廳已失去無限再生的特性，他們收了政府一些錢便離開該地，恢複原本的拾荒生活。另一方面，借著舊文明之力擴大規模的京都府廳，檯面下卻開始流傳一些恐怖故事，例如有人目擊公務員被牆壁吞噬，或被電梯啃食。
京都府廳復權後，針對蕈菇守護者的迫害政策再度興起，但與蕈菇守護者並肩作戰過的同盟軍很清楚他們並非邪惡之徒，因此實際上各縣已經不再迫害他們。不過，蕈菇守護者本來就是個很難與外人相處的民族，所以他們的生活型態和受到迫害時並沒有太大的差異。但能自由進出市街做生意，對於想買漫畫、電影、遊戲機的蕈菇守護者而言是一大福音，愛好娛樂的他們應該會為此感到高興。
另外，全日本此後也將注意到一項劇烈變化正在發生。
東京淪陷當天，宇宙在全日本降下了彩虹粉末。面對這種堪稱自然異變的緊急狀況，現代人聊到這件事時卻只會說：「昨天下了場彩虹色的雪耶！」「誰有心情管雪。」說完就拋諸腦後。之後頂多只有一些末日論者利用這點說：「這是人類滅亡的預兆。」而大部分的人很快就對這個話題失去興趣。
然而從那天起，鏽蝕風所導致的鏽蝕病重症病患開始減少，基於患者自身生命力而痊癒的案例也逐漸增多。
進化蕈菇「七色」的彩虹孢子使日本人漸漸與鏽蝕共存，展開新的生活。受惠的當然不只有人，各種異形生物也很可能進化得更兇猛，然而蕈菇一視同仁，這點人們也莫可奈何。
從鏽蝕枷鎖中解放的生命，之後會創造出怎樣的歷史，任誰都無法預料，其中也不存在善惡。人類、生命只會在不知不覺之中，在新的進化階段，賭上自己的性命向前邁進。
筆者雖然想以此告一段落，暫時作結。
但在結……（內容加載失敗！請重載或更換瀏覽器）