前情提要

20XX年，靜岡縣西部發生了大地震。各地被害情況甚是嚴重。另外，富士山山麓的一部分也崩塌了，其中出現了不明建築物的入口。FBI特命搜查官瀧二郎為了獨自進行調查，進入了崩塌現場。三十年前，修卡的大要塞曾位於此地。在這裡，瀧遇到了失去三十年來之記憶的少年，門脅純。純被修卡改造成了能夠操縱自然現象的怪人=蓋博古，並進行了冷凍休眠。

時隔三十年之久回到自己家中的純，見到的是判若兩人的妹妹以及年邁的母親。由於母親被修卡怪人所殺，被冤枉的純如今已經無家可歸。

流離失所的純遭到了眾修卡怪人的接連襲擊。在一路戰鬥過來的這段日子裡，純與瀧、立花藤兵衛、如月恭子和進藤晶等人成為交心之友，找到了守護他們、乃至守護人類的自身之存在理由。然而，將純從危機中解救出來的假面騎士2號=一文字隼人卻察覺到了純的特殊性，將懷疑的目光投向了純。

次日早晨醒來，純的手腳上沾滿了血液與泥土，而他對此卻毫無印象。這時，窗外出現了擁有貓之姿態的怪人。「是她乾的嗎？」對此感到不安的純前去追趕貓怪人，而在純的面前，卻出現了一名和他長得一模一樣的男子。