序章
異世界默示錄麥諾格拉 ～從毀滅文明開始征服世界～ 2 萌芽的絕望鼓動
死後，伊良拓斗在異世界醒來，發現自己成為了『Eternal Nations』這款遊戲的指導者。
他所指導的勢力是邪惡國家米諾戈拉。
跟隨他的則是最強的——但初期能力最弱的英雄阿圖。
他和擁有共同遊戲知識的她一起開始經營國家，追求和平而寧靜的生活。
雖然途中加入了黑暗精靈，米諾戈拉的國家經營還算順利，但命運似乎喜歡混沌。
與邪惡屬性的米諾戈拉相性最差的神聖國家克里亞，以及從那裡派遣而來的聖騎士。
還有魔女災厄這個詞和聖女的存在。
彷彿被捲入一個故事中，發生的種種事件，讓他回想起如怒濤般的日子。
「唉……話說回來，發生了好多事啊。明明只是想過著和平的生活，為什麼會有這麼多麻煩呢……」
「事件接踵而至呢……」
拓斗的話，由他最信賴、最愛的英雄阿圖回答。
眼前是自己建立的國家，以及阿圖。
雖然在遊戲里，這一切都是用CG表現的，感覺有點平淡，但重新審視後，其存在感和現實感化為巨大的感動，包圍著拓斗。
他像是事情告一段落似的嘆了口氣，坐在他喜歡的王座上。
突然，拓斗注意到阿圖像是在窺視一樣凝視著自己的眼睛。
「怎麼了？」
「不，果然只是我的錯覺！」
「是嗎！我也經常搞錯，有的有的」
「是的！！」
發生了什麼事嗎？
雖說是在特殊的環境中生活，但阿圖所知道的拓斗應該是在一個擁有平均感性的和平世界中生活的普通人。
恐怕是因為第一次戰鬥而沒有注意到，所以緊張了吧。
最近她的樣子有點奇怪，拓斗很擔心她看著自己的眼睛裡似乎帶著某種恐懼，但看她現在的樣子，那似乎也是杞人憂天。
世界在轉動。
就這樣，兩人沒有注意到彼此的違和感，又像往常一樣運營著米諾戈拉。
與聖王國克里亞的調查隊遭遇並戰鬥。當時他所說的話像刺一樣刺痛著阿圖的心。
阿圖這樣判斷，之後就沒有再在意這件事了。
阿圖也對自己所抱有的擔憂只是錯覺而感到安心。
在各種各樣的想法交錯中，米諾戈拉的回合在與遊戲相似——但與遊戲完全不同的世界中進行著……。
為了建立自己所追求的，和平而平靜的邪惡國家。
儘管如此，阿圖卻對殺人這件事表現得若無其事，甚至擺出一副「那又怎樣」的態度。
但是，看到現在的拓斗，阿圖覺得那只是自己的錯覺。
神聖的勢力，中庸的勢力，以及邪惡的勢力。
在那個瞬間，拓斗看起來像是某種異質的存在，阿圖不禁擔心他真的是自己所知道的拓斗嗎。