明治四十年。夏季。住在京都伏見的百川稻子，無論什麼事情也做不好，每天都被父親訓斥。對於她而言唯一的救贖，便是向神明請願。有一天，她像往常一樣來到神社參拜時，和一名說著「要相信那些看不見的東西」的自由奔放的少年・坂本喜八相遇了。少年否認了神明的存在，並豪言今後是電氣的時代。
這時，稻子突然提到了結婚的事情。雖然那是父親單方面的決定，但是考慮到自身的價值後，稻子放棄了抵抗。喜八引導稻子發現了她心中想要逃跑的真實想法，帶上稻子離開了禁錮著她的家。
阻止這場婚姻的唯一方法是找到奇書《電氣目錄》。那是喜八在幼年時寫下的關於電氣時代的預言書，但是卻被年長的哥哥・清六帶走不知去向。喜八和稻子——兩人為了尋找「電氣目錄」，逃往了京都・滋賀。
消失的《電氣目錄》。隱藏著的秘密是——
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